医院动态

我院临床医学研究中心许国雄教授团队最新研究成果“Target Finder of Transcription Factor (TFoTF): a novel tool to predict transcription factor-targeted genes in cancer”于2023年2月3日在Molecular Oncology杂志（IF=7.449）上在线发表。

该研究建立了一种从基因组和癌症相关转录组数据中预测转录因子的靶基因的方法，开发出一款搜索工具并命名为“转录因子靶基因搜索器”（Target Finder of Transcription Factor，TFoTF）。TFoTF可以在大型的癌症多组学数据集中识别出潜在的转录因子靶基因，并有效地估计转录因子与其靶向基因之间的相关性。因此，TFoTF是一个易于使用的工具，可以用来在癌症研究项目中产生可测试的假设。

转录因子（transcription factor，TF）是一种DNA结合蛋白，可通过调节其靶基因转录的方式，在细胞的正常生理、病理活动及包括肿瘤在内的众多疾病的发生发展过程中发挥重要作用。对于转录因子的靶基因预测，目前已有一些基于不同理论出发点的算法、思路或工具并给出各自的解决方案。但是这些方法也存在其各自的固有弊端，如实验操作复杂、经费门槛较高、预测效能欠缺，或是结果受限于细胞组织特异性等。因此，如何便捷且准确地找到给定转录因子的靶基因，是一个在医学上具有重要实际意义的问题。

本研究通过创新性地联合肿瘤数据库中的泛癌基因表达谱数据和ChIP-seq实验中得到的转录因子基因组结合位置偏好数据，开发出了一种准确且易于使用的转录因子靶基因预测工具，即TFoTF。通过多种实验手段比较证实，TFoTF具有较好的转录因子靶基因预测效果；另一方面，不同于大多数既有预测工具，通过TFoTF对转录因子进行靶基因预测时，可以得到细胞生物学功能更加明确的预测结果，这一特性将有利于实际研究中研究者确定后续的研究方向。综上所述，TFoTF作为一种使用门槛低、预测效果佳的转录因子靶基因预测工具，我们相信它可以为处于科研起步阶段的研究人员在相关研究领域带来切实的帮助。

该研究受到国家自然科学基金(No.81872121)和上海市科委基金(No. 17ZR1404100)的资助，复旦大学附属金山医院临床医学研究中心主任许国雄研究员为通讯作者，复旦大学肿瘤学博士研究生王繁晨为第一作者。

医学探索永远在路上，

闪光金医科研人，

快乐分享研究成果，

更多金医科研前沿，

敬请期待！